Mellomsålen har samme såletykkelse som forgjengeren og Nikes eget skum, Nike React. Det gir lav vekt, meget god støtdemping og god respons i fraskyvet. Nytt for denne versjonen er at den har to puter med Nike Air Zoom i sålen, både i forfoten og hælen. Overdelen er i mykt engineered mesh uten sømmer, som gir godt hold der det trengs og fleksibilitet der det er gunstig. Flywire-konstruksjon i mellomfoten for en tettere og mer individuell passform. En mer robust og slitesterk yttersåle med gode flekskanaler i forfoten gir en bedre stegavvikling.
Nike Air Zoom Pegasus 39 er en trygg arbeidshest som fungerer til lange turer både i rolig og raskere tempo. Pegasus 39 kan også være et alternativ på grusvei.